呼吸与危重症医学科对肺间质疾病、肺部感染、慢性阻塞性肺病、肺癌和哮喘等的诊治处于国内领先水平；在呼吸系统疾病的介入诊治，特别是支气管动脉灌注化疗方面有独到之处；应用胸腔镜、电子支气管镜开展微创手术超过14000例次。
消化内科在慢性肝病的诊治、干细胞治疗慢性肝病及消化系疾病、胃肠疾病和胃肠肿瘤的内镜下早期诊断和治疗、消化介入治疗、重症胰腺炎的综合治疗、风湿免疫疾病及消化免疫疾病的防治、胃肠动力紊乱性疾病的治疗技术方面处于国内先进水平。
心血管内科为博士授权学科、国家重点学科、介入培训基地。“高血压和冠心病的基础与临床研究”处于国际领先地位，经桡动脉冠脉介入、先心病介入、房颤消融和起搏器置入达到国内先进水平。
高血压内分泌科高血压诊断和治疗研究处于国内领先水平；代谢综合征的诊断和治疗干预处于国内领先水平；糖尿病外周血管病介入诊断方面处于军内领先水平；各种内分泌疾病的诊治处于地区先进水平。
神经内科主要开展急性脑血管病、老年性痴呆、睡眠障碍的诊治以及神经系统遗传疾病的基因诊断。每年收治病人8000余人，每年开展脑血管病介入手术1000余例，位列国内、军内先进行列。
肾内科肾脏疾病病理诊断及综合治疗，肾衰竭肾脏替代技术（血透、腹透等），系统的前瞻性慢性肾病全程干预模式（风险评估、治疗和监测等）。先进的特殊血液净化技术在危重症生命支持、重症免疫性疾病和药物中毒等领域的应用。
血液科在白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、各类贫血、出血性疾病及不明原因的发热性疾病和包块性疾病的诊治上具有丰富经验，血液病实验检查技术实力雄厚；开展各型造血干细胞移植术10余年，居国内先进水平。
普通外科各种经腹腔镜胃肠肿瘤、疝气、甲状腺微创手术，乳腺肿瘤微创旋切系统，开展了人工血管置入、血管滤网、支架置入等。对低位直肠肿瘤、肛门手术有特殊方法，尤其是顽固性便秘的治疗在国内处于领先水平。
肝胆外科在重症胰腺炎、胰腺肿瘤的诊治方面形成了一套独具特色的规范；对复杂、巨大的肝脏及腹膜后肿瘤切除、复杂胆道疾病处理经验丰富；规模化开展了腹腔镜、内镜及介入等微创治疗；保胆手术切除胆囊而治愈胆囊结石及息肉，取得良好疗效。
骨科已完成2000余例人工关节置换和百余例翻修术，救治颈、胸、腰骶椎损伤病4000余例，救治骨创伤与多发骨折万余例，擅长治疗各种复杂骨折、骨盆骨折、骨不连等，治疗水平达国内先进水平。
泌尿外科在泌尿系肿瘤的防治及腹腔镜治疗、前列腺增生、尿道损伤和泌尿系结石的微创腔道治疗、男科学、肾移植等方面具有明显的优势和特色，学科整体技术实力在全国处于先进水平。
创伤外科国内首家制定院内紧急救治规范，整体化救治严重多发伤；应用计算机辅助手术导航系统、关节置换等技术救治复杂骨折； 应用负压封闭、超声清创等治疗严重软组织损伤，救治水平全国领先。
神经外科在难治性癫痫的精确定位及手术，面肌痉挛、三叉神经痛、痉挛性斜颈的微创手术，脑肿瘤伽玛刀治疗，颅内动脉瘤及颅内高难度肿瘤的显微手术，高血压脑出血及重型颅脑损伤的抢救方面形成自己的特色。
胸外科食管疾病、肺疾病、重症肌无力等常规及微创外科居全国领先，收治食管癌、肺癌、重症肌无力、食管烧伤、贲门失驰症、肺结核瘤、支气管扩张、慢阻肺、纵隔及胸壁肿瘤、急慢性脓胸、手汗症等。
心血管外科在先心病、风心病、冠心病、大血管病等外科治疗方面有丰富的临床经验，开展了全弓置换、房颤外科治疗、动脉瘤腔内隔绝术、全胸腔镜下体外循环心脏微创手术以及体外循环下扩大肺癌、食管癌切除术等。
妇产科腹腔镜宫腔镜手术处国内先进水平；开展了妇科内分泌、性咨询、不孕不育症、产前诊断等特色门诊；应用高危HPV筛查宫颈癌，敏感性高；对宫颈癌等妇科肿瘤进行个性化综合诊疗；产科的高危妊娠监控、家庭化分娩、无痛分娩、新生儿先天性疾病筛查及“胎儿腹中转运”等项目独具特色。
儿科设有普通儿科病房和新生儿重症监护病房，承担重庆市及其周边地区的会诊、转运与抢救工作。为具有国内先进水平、设备精良、诊疗技术先进、医德医风优良的儿童医疗、教学和科研基地。
眼科青光眼和白内障的临床诊治和基础研究处于国内领先地位，尤其是在难治性和复杂性病例的手术治疗方面积累了丰富的经验；屈光不正矫正手术处于国内先进水平；眼底病和玻璃体视网膜疾病诊治与国际接轨；眼眶病及眼整形专业在西南地区领先。
耳鼻咽喉－头颈外科梅尼埃病诊疗技术、耳神经-侧颅底手术及头颅肿瘤早期诊治居国内先进水平，开展了面神经全程减压术、颈静脉球体瘤切除术、颞骨切除术、顽固性眩晕和耳鸣治疗、鼻内镜激光治疗鼻腔鼻窦肿瘤，耳神经外科耳显微外科及耳鼻喉矫形外科。
肿瘤中心应用化疗和分子靶向药物治疗、三维适形调强治疗、立体定向伽玛射线全身治疗、锎-252中子近距离后装治疗系统、介入治疗等多种手段治疗肿瘤。研制的自体肿瘤疫苗NK/CIK细胞可显著抑制肿瘤的复发与转移。
皮肤科建立了激光美容外科、皮肤病理、光疗、真菌培养鉴定四大技术平台，在美容外科、红斑狼疮、脱发、皮肤溃疡、皮肤肿瘤、太田痣、白癜风、银屑病、血管病、性病、癣等方面形成了明显优势和特色。
口腔颌面外科开展颌面颈部囊肿、淋巴血管瘤及颈部包块的综合治疗，良恶性肿瘤的序列治疗，颌面颈部整形及颞下颌关节疾患的诊断治疗，应用颌面微动力系统治疗口腔、颌面颈部外伤及陈旧性骨折修复。
康复医学科开展康复评定、物理疗法、作业疗法、言语疗法、康复工程、水疗康复、传统康复、吞咽康复等项目，主要针对创伤与骨科康复、神经康复、疼痛康复等。
全科医学科及健康体检中心集医疗、健康体检和卫生保健为一体的综合科室，由全院知名教授组成的医疗、保健专家队伍，为您提供最权威的医疗服务。在此，长江、嘉陵江及渝中半岛美景尽收眼底，高端个性化体检、一站式服务更是享有美誉。
急诊科建立危重病救治绿色通道，以“高速、高效、科学”手段为患者实施各种抢救,在最短的时间内使危重患者得到及时诊断与有效抢救,使患者脱离生命危险,为病人重获新生奠定了良好的基础。
ICU能够对各种急、危、重症病人如严重创伤、各种重大高危手术术后、急慢性呼吸衰竭、各种休克、急性重症胰腺炎、急性心肌梗死、中毒、心肺脑复苏等患者实施及时有效的24小时不间断连续监护、救治。
麻醉科、手术室拥有100-10000级空气净化手术间26间，配有全套性能先进的麻醉、监测、急救等安全保障系统。承担日常手术和急诊手术的开展及全院危重病人的抢救、呼吸机治疗管理、各类有创诊疗的镇痛、急慢性疼痛治疗、顽固性失眠治疗等工作。
