内镜科是由院行政直接领导的一级学科，已逐步发展成为了贵州省专业化程度高，集内镜诊断、治疗、科研、教学和保健为一体的大型内镜诊断治疗中心之一，年诊治患者由2006年前的不足1万例次发展到2011年的1.8万多例次。2007年12月，通过申报，被批准为“中华人民共和国卫生部内镜专业技术（贵州）培训基地”。

 

2008年，科室整体搬迁至新外科大楼一楼开展诊疗工作。医疗用房较前有了一定的增加，环境改善。至2011年，新增了胃肠镜诊疗操作台共3个，购置了胃肠镜设备多套（价值约1000万元）。开展内镜下微创治疗各项技术，拓展与外科系统联合开展的“结肠镜联合腹腔镜、胸腔镜微创治疗消化道肿瘤”等技术；系统规范地开展“小儿胃肠镜诊疗技术”；进一步深入开展“消化道肿瘤的内镜微创手术（ESD等）”技术等。

 

2006年率先或较早在省内开展了以下内镜诊疗新技术“双气囊电子小肠镜检查技术”（该项目获得了贵州省卫生厅基金资助）； “染色放大内镜检查”（该项目获卫生厅青年基金项目资助）； 2007年“胶囊内镜检查术”（该项目获贵州省科技厅社发项目资助、获卫生厅基金项目资助）；   2008年“经胃镜下经皮胃空肠造瘘术（PEG-J）、“单人大肠镜操作技术”；2009年“多镜种联合微创外科手术”； 2010年“内镜粘膜下剥离术（ESD）”、“经自然腔道内镜外科技术（NOTES）”；2011年超声内镜诊疗技术等项目 。